Территориально Воронежский заповедник совпадает со старинным Усманским бором, занимая его северную часть. Усманский бор, несмотря на свой двухтысячный возраст, сохранил первоначальные породы деревьев. Это – береза, дуб, осина, ольха. Географически заповедник находится на рубеже Воронежской и Липецкой областей.

Заповедник был образован благодаря речным бобрам. Благодаря возникновению этого заповедника был сохранен уголок среднерусской природы в ее первозданном виде. Среди видов растений, сохранившихся в заповеднике, а их более тысячи, многие находятся в Красной книге. Необычные рельеф и климат этого региона способствовали образованию здесь уникального природного комплекса, включающего флору и фауну, типичную для юга и севера, степи и леса.

Воронежский заповедник – это еще и культурное наследие. Территория, на которой находится заповедник, веками находилась на русско-татарском рубеже, что послужило образованию здесь особого исторического и природного этноса. На территории заповедника был построен мужской монастырь, который сначала назывался Спасо-Преображенским, а затем – Толшевским, до наших дней сохранился Константинов источник с целебной водой.
Поэтому заповедник является не только хранителем дикой природы, но и хранителем памятников культуры, сохраняя их в комплексе с той средой, в которой они возникли.